Pierwsza teoria to teoria genetyczna.
Badania potwierdzają genetyczne tło dysleksji, zgodność w przypadku bliźniąt jednojajowych sięga nawet 100%. Istnieje ok 6 genów, które mają wpływ na zaburzenia w czytaniu.
Drugą teorią jest teoria anatomiczna (neurofunkcyjna).
Wady rozwojowe mózgu tzw. malformacje, brak asymetrii planum temporale, anomalie w strukturach wzgórza przekazujących informację do wyższych struktur.
Trzecia teoria to teoria hormonalna.
Wywodzi się z badań Geschwinda, który zwrócił uwagę na nadmiar testosteronu w okresie prenatalnym. Podwyższony testosteron może powodować bardzo dynamiczny rozwój prawej półkuli i wolniejszy lewej, co może powodować leworęczność czy też zaburzenia mowy.
Innymi teoriami może być koncepcja deficytu wielokomórkowego, teorie psychogenne czyli środowiskowe (zaburzenia emocjonalne pośrednio wpływają na trudności w czytaniu poprzez zakłócanie innych sfer osobowości i procesów poznawczych), a także teoria deficytu móżdżkowego (osłabiona zdolność do automatyzacji i czytania).
